Wer den Kölner Zoo besucht, hat ebenfalls die Möglichkeit mit dem Rundgang durchs Aquarium in die Unterwasserwelt einzutauchen. Das Aquarium des Kölner Zoos bietet zirka 70 geografisch angeordnete Aquarien. Gezeigt wird die Unterwasserwelt des Rheins bis hin zu Ausschnitten des indopazifischen Ozeans. In einem der größeren Aquarien mit einem Fassungsvermögen von 20 000 Liter wird die Artenvielfalt der Buntbarsche gezeigt. In einem anderen Großaquarium mit ebenfalls 20 000 Liter Fassungsvermögen kann man Korallenfische inmitten echter Korallen bewundern. Aber auch kleinere Tiere wie zum Beispiel die Seepferdchen oder die elektrischen Elefantenfische üben eine Faszination auf den Besucher aus.
Besichtigen kann man das Kölner Aquarium mit einer regulären Eintrittskarte für den Kölner Zoo. Erwachsene zahlen 13 Euro Eintritt, Kinder 6 Euro, Studenten, Schüler und Azubis benötigen 8,50 Euro um sich der Unterwasserwelt hingeben zu können.